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只有不断加强事业单位财务审计与内部控制的管理制度，才能有效的发挥其在事业单位的监督作用和把控影响，而想要健全事业单位的财务审计管理制度，则必须针对职能的划分和职权的责任进行详细的划分。将财务审计制度具体到个人，工作责任也具体到个人，让相关的工作人员重视财务审计工作的重要性，从而起到加强事业单位财务审计工作的作用，帮助该部门树立公正、透明的工作理念，避免因为其它外部因素的影响而让事业单位的财务审计部门失去了其内部控制的监督、检查作用。

对于预算执行的有效把控是对我国社会主义经济化建设的重要贡献，针对预算执行阶段的制度不完善，相关工作部门必须严重按照要求来完善预算执行阶段的内部控制制度。首先，事业单位的内部控制一定要真正的履行其责任和义务，对于事业单位的所有支出预算都进行严重的审核和核算，严禁出现各种违章乱纪、资源浪费的情况出现。另外，对于相关的项目的去出核算也要进行严格的核算，一定要确保事业单位的每笔支出都要运用到实处，并且做到有出处、有依据。在完善事业单位内部控制制度时，一定要做到奖励、惩罚并重，对于内部控制工作做的好的工作人员进行积极的奖励，对于消极怠工、工作不负责任、不进取的工作人员给予一定的惩处，以此来充分的调动内部控制人员的良好工作积极性。

加强财务审计独立性

事业单位财务审计的独立性是确保其工作有效开展，以及保障事业单位廉洁性、高效性的重要保障，所以对于事业单位财务审计来讲，一定要确保其独立性的存在。针对财务审计的独立性，相关领导首先要对其部门进行配备专业的人员，并且保证其部门的独立性。对于财务审计部门的工作人员，需要定期的展一些培训和教育工作，并对该财务审计部门的工作人员的工作内容进行详实的规划和设定，以此来促进事业单位的稳定发展和有效前进。